Misyonumuz; su ürünleri alanında çağın gelişimine uygun, yenilikçi, toplumsal gereksinimleri dikkate alan, yaşam kalitesinin ve refah düzeyinin yükseltilmesine katkıda bulunan bilimsel araştırmalar yapmak, ülkemizde su ürünleri sektörünün gelişmesini sağlayacak yeni teknikler geliştirmek, lisans düzeyinde bu bilgilerin yanında beceri ve yetkinliklerle donanmış, sektörde etkin olarak yer alacak nitelikte, Atatürk İlke ve İnkılâpları bağlı su ürünleri mühendisleri yetiştirmek ve lisansüstü düzeyde belirli konularda uzmanlaşmış, bilgileri sentezleyebilen, yenilikçi ve yaratıcı mezunlar vermek, deniz ve iç sularımız ile bu alanlardaki kaynaklarımızın doğru şekilde yönetilmesi ve sürdürülebilir kullanımı sağlamak için gerekli akademik verinin elde edileceği araştırmalar planlayıp yürüterek gerçekçi ve bilimsel öneriler oluşturmaktır.

Vizyonumuz; ülkemizin üç tarafını çeviren denizlerimizin ve tatlısu kaynaklarımızın en verimli şekilde kullanılmasını sağlama konusunda üzerine düşen görevleri yerine getirmek, ülkemizde su ürünleri sektörünün gelişmesine katkıda bulunmak, teorik ve uygulamalı dersleri çağın gereksinimlerine göre güncelleyerek bilgi ve deneyimi yüksek AR-GE kültürünü benimsemiş mezunlar yetiştirmek, ulusal ve uluslararası düzeyde projeler yaparak, nitelikli yayınlar üretmektir.